在崇祯皇帝大规模清除魏党余孽的过程中，崇祯皇帝却轻轻地放过了一个人，他就是驻扎在东江镇的毛文龙。崇祯皇帝并不愚蠢，他知道毛文龙的东江镇对于后金军队有着很大的威胁。
而东江镇的建立，几乎都是在毛文龙的操办之下一手建立的，所以在东江镇几万的军民的心中，毛文龙的威望是很高的。因此，崇祯皇帝不仅没有罢免毛文龙的官职，甚至连天启皇帝赐予毛文龙的尚方宝剑都没有收回去。
要知道，为了支持袁崇焕在辽东的事权统一，崇祯皇帝除了赐予袁崇焕尚方宝剑以外，其他将领手中的尚方宝剑，都给崇祯皇帝收了回来。
可是崇祯皇帝放过了毛文龙这个魏党余孽，东林党人就不会放过他了。什么国家兴亡的，和党派斗争的大事相比，那绝对是无足轻重的事。国家的大利益应该服从我们东林党的小利益嘛！
由此可以看出来，不要看东林党和魏党斗的是你死我活的，其实他们都是一丘之貉，完全是天下乌鸦一般黑。而相对来说，站在皇帝这一边的魏党的行为，倒反而是符合皇帝的利益的。
而这时候，拥有东林党背景的袁崇焕又到了辽东成为了督师。比较好笑的是，袁崇焕和魏党和东林党都有关系，哪一个党派得势，袁崇焕就变换成为这个党派的人，他是一点儿也不吃亏。
袁崇焕到了辽东以后，除了平息讨饷兵变的事务，他开始要进行完全掌握辽东权力的步伐啦。
这时候的辽东，除了东江镇的毛文龙以外，影响力和权力最大的武官有这么几个：祖大寿、赵率教、何可纲和满桂。他们都是老督师孙承宗留下来的人，因为孙承宗是东林党人，所以这些武官应该都是和现在的袁崇焕是一个派系的，也应该和袁崇焕有着共同语言的。
可是其中的满桂是个例外，他也是一个蒙古族人，所以满桂的性子是比较的直的。在前面我们已经说过了，辽东的武官对袁崇焕以前的功劳都有些不以为然。
而其他武官心里虽然这么想，但在表面上都没有表露出来。而满桂面对着袁崇焕的时候，基本上就是小胡同里赶猪——直来直去了。这样一来，可以想象得出袁崇焕和满桂这俩人之间的关系来。
不过，满桂也并不是完全缺心眼。当他知道袁崇焕又来辽东当督师以后，满桂立刻主动上书朝廷，要求调任。而熟悉袁崇焕和满桂关系不和的朝廷官员，也满足了满桂的要求。把满桂调任为大同总兵。
就这样，袁崇焕兵不刃血地达到了安内的目的，他在掌握权力的过程中，开始要攘外了。
袁崇焕首先在军饷和供养上，开始卡毛文龙的东江军了。那毛文龙当然是不会买账，他一边和袁崇焕据理力争，一边又威胁袁崇焕：如果袁崇焕再不给东江镇送来足够的军饷和给养的话，毛文龙将会带着军队到山东的登莱地区直接去强。
本来袁崇焕就是来收拾毛文龙的，他怎么会被毛文龙这两句威胁话给吓倒呢？于是，袁崇焕继续不供应毛文龙东江军的军饷和供养。
那毛文龙的匪性就上来了，他竟然真的带领军队，渡海到登莱地区去抢了。这个行动，一下子让一直以自我为中心的袁崇焕压不住火气了。
而毛文龙这次到登莱抢劫的事，也让登莱的老百姓对东江军是深恶痛绝。在以后，登莱老百姓的这种态度，将会引起一次影响明朝政局的大事件。在这里就暂时不提了。
这时的袁崇焕感到：如果自己要在辽东完全掌握权力，就一定要把毛文龙这个眼中钉从自己眼皮子底下给拔去。
因此，袁崇焕于崇祯二年五月二十九日乘船到达了皮岛和毛文龙见面。到了六月初四，袁崇焕先发了饷银十万两给予东江军的武官和兵丁。接着，袁崇焕就命令毛文龙准备收复镇江旅顺。
可对于这个不合理的命令，毛文龙怎么会同意呢？毛文龙的东江军是敌后游击队，并不是正规军。骚扰牵制后金军队是可以做到的，直接和后金军队对抗，那就是完全找死的行为了。
于是，袁崇焕就劝告毛文龙，让他就不要占着茅坑不拉屎啦，早点辞官回家乡养老吧。这也是袁崇焕给毛文龙最后的机会。
可是，毛文龙又直接拒绝了袁崇焕的劝告。在毛文龙的想法中，自己有东江军这么强大的武力，袁崇焕也奈何不了自己的。但是，毛文龙压根就没有想到：袁崇焕是这么一个胆大妄为的人。
第二天六月初五，袁崇焕把毛文龙和东江军主要武官传唤到自己的大帐中。他拿出了尚方宝剑，宣布了毛文龙的罪行以后，立刻把毛文龙给斩首示众了。
那毛文龙根本就没有什么心理准备，就这么糊里糊涂地被袁崇焕给杀了。而东江军的那些武官，看到了袁崇焕拿出来的尚方宝剑，还以为是崇祯皇帝交待袁崇焕来杀毛文龙的，所以也就眼睁睁地看着自己的主帅被袁崇焕给杀了。
接下来，袁崇焕也做了一些发放军饷，指定东江军继任指挥，甚至还上演了诸葛亮哭周瑜灵的戏码，以此来安抚东江军。而从表面上来看，东江军也暂时安稳了下来。
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