马六甲海峡的主要航道在东侧，吃水比较深，更适宜建立港口。而在西岸则大多数是沼泽和浅滩，这一客观原因造就了西岸没有大港口的现状。
随着马六甲城、柔佛城先后被明军占领，这地区的咽喉为明军所控，不过他们并没有停止脚步，继续西进，七天后占领鹅麦河与巴生河的交汇处的吉隆坡，此时的吉隆坡还不是后世的马来西亚首都级的大城市，而是雪兰莪州王族拉查阿都拉家族的领地，以产锡矿而闻名。
明军大将叶可亮率部继续西进，十五日后占领槟城，兵锋直指泰国南部边境沙墩府，吓得阿瑜佗耶王朝蒿贪大王一边派大军驻扎边境，一边派使者前来打探消息。
至此，马六甲海峡东侧尽为明军所控制，此时明军陆军不过一万人，仆从军雇佣军不过三万，但是黑水舰队的主力战舰己尽集中于此了，有将近四万人，所以才能迅速的沿着海岸线，横扫海峡东侧各地。
不过他们与荷兰人和葡萄牙人多次交战，损失也是极大，至少折了三分之一的军力，所以才会将葡萄牙人打得龟缩回果阿，占领槟城。
不过他们对于海峡西侧的苏门答腊岛是暂时无力进攻了，这让他们的航线随时面临来自海峡西侧苏门答腊岛上势力的威胁。
现在明军的主要注意力是集中在对付荷兰人雷杰森的舰队之上。
雷杰森率领舰队火速南下苏碌海，从婆罗洲另一侧返回爪哇海，计划逃回巴达维亚，现在他们比之来时，损折了一半船只，急急逃命回家。
由苏拉威西海进入望加锡海峡，在此被颜思齐的舰队伏击。
颜思齐的舰队据说是在宿务被葡萄牙舰队打得落荒而逃，其实是战略转移，离开苏碌海后，他会合了另一支秘密派来的舰队，抄近路，直扑巴达维亚，对巴达维亚实施了炮击，把巴达维亚的港口炸个稀巴烂，击沉了荷兰东印度公司的所有商船，摧毁了炮台，炮击巴达维亚城，将这里捣得稀巴烂之后又往望加锡海峡设伏。
双方舰队在海峡不期而遇，其时天上万里无云，海面风平浪静，双方仇人见面，分外眼红，爆发了一场惨烈之极的海战。
战前荷兰舰队拥有大型主力战舰三十五艘，过半受伤，其它的船只五十多，在数量之上占有优势。
而颜思齐的舰队，远程奔袭，只有四十一艘主力战舰，其它的补给舰和运输舰则停在秘密港口，它的主力战舰在围攻巴达维亚时折了三艘，过半受伤，不过经过简单的修补。
这是一场极其惨烈的大战，以颜思齐舰队大败被击退而告终，颜思齐舰队在大战之后，只剩下二十二艘战舰，光在这里就被击沉了十七艘，剩下的也无一不伤，狼狈而逃。
雷杰森他们虽然击退了颜思齐，但是他的损失也极大，主力战舰被击沉了一半，剩下的其它战战舰只有二十八艘。
可以这么说，在这半个月的海战中，他们损失了四分之三的舰队，曾经南洋最强的小强，现在仅剩四分之一的舰队，仅能自保。
当雷杰森返回了巴达维亚，看着这大灾大难之后的巴达维亚，他是气得吐出了一口血，他在科恩总督在此成立东印度公司永久总部时就入职，他也是筹备建立巴达维亚城时的高层之一，城市从无到有，有他的一番心血，他也为之骄傲和自豪，现在被颜思齐的舰队彻底摧毁，变成了一片白地，二十年努力一朝尽废，他如何不气得吐血？
颜思齐则返回了马六甲城。
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