双方为了争夺大桥，进行了一夜血战，通宵战斗不断，杀声冲天。
阿齐兹本想下令炸毁大桥，但想起对方海军占据绝对优势，炸了只会自己吃亏。
次日凌晨，明军再次发起攻击，数艘主力战舰趁着涨潮接近要塞附近，用侧翼的火炮和塔楼上的各种武器压制要塞里的守军火力。另外十艘战船贴近海岸，掩护登陆部队再次出击。
这些陆战队再次顶着守军的密集火力，击破了栅栏附近的守军，将对方逐离大桥区域，成功的占领了这一战略要地。
一些明军战船从大桥下冲入了内港，并帮助登陆部队建立了新的炮兵阵地，由于不少守军躲入街道后从屋顶向冲入街道的明军射击，明军再次纵火焚烧城区，舰队与炮兵则继续对着总督府和要塞不停的射击。
总督府和要塞在明军连续不断的炮击之下颤抖，事己至此，可以说是大势己去，除了葡萄牙还在拼死抵抗之外，大批的马来雇佣兵和印度雇佣兵纷纷放下了武器，向明军投降。
明军也依照承诺，只是暂时扣留，没有枪杀他们。
外族雇佣兵们投降，让葡萄牙人的处境更加艰难，他们退出要塞，死守总督府，郑芝龙命人暂缓进攻，从各处调来了大炮，对着总督府猛轰。
总督府前身是马六甲王国的王宫，马六甲灭亡之后，改造成为了总督府，这既是葡萄牙人在马六甲的最高权力机构，也是一个要塞，可以容纳二千多人，它地势险要，易守难攻，葡萄牙还在里面准备了大量的粮食，可以长期坚守，他们是计划死守，等待远征军归来，里应外合，击退敌人。
但是明军又是炮轰，又是用投石机投放猛火油，府中大火处处，浓烟冲天。
这个势头，那里挡得住多久？阿齐兹是命令拼死底抗，但无奈士兵们士气己散，军心大乱，纷纷投降，阿齐兹制止不了，吞枪自杀。
在总督自杀之后，士兵们再无犹豫，升了白旗，放下武器，向明军投降了。
这时年代葡萄牙人对亚洲征战，虽然守军往往人数众多，武器也并不落后，却依然无法抵御新来的欧洲征服者的攻击。葡萄牙人作为当时世界上最好的海军力量，不仅在海面上占据优势，还在一系列登陆攻城作战时表现了欧洲战场上磨练出的高素质，往往可以一战而下，当年葡萄牙人攻击马六甲城，守军的武器并不比他们逊色，人数更多，但在出色的战术和海陆协同之下，确是被轻易击败，现在是倒转过来。
马六甲城虽然在不长的时间内被攻克，但其防御武备依然属于当时的亚洲顶尖水准。作为一个靠着贸易交流为生的国际化大都市，葡萄牙人可以通过海运获得当时最为先进的武器，并雇佣地区内外的专业士兵来担任守军。
但他们葡萄牙人实在太少了，招来的雇佣兵表现并不出色，军事现代化并不能在根本上改变当地军事实力偏弱的本质。无论是新式的欧洲火炮还是印度的战象，又或是传统的毒液弓箭，都无法弥补士兵素质与指挥系统滞后的缺陷。
当然在许多人的眼里，马六甲城绝对是一座难以强攻夺取的坚城。守军的专业士兵、和新式火炮都是当时的许多南洋军队没有或欠缺的。
但他们还是被明军攻下了，明军在人数、战舰和火枪方面占有优势，他们的火枪，射程更远，射速更快，让葡萄牙人吃尽了苦头，每一次交战，死伤都极为惨重。
在明军的猛烈打击之下，葡萄牙人在东方最重要的贸易重镇沦陷了，马六甲城上，升起了明军的日月旗。
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