李凡目睹自己的爱人杨咪以及两个同伴神秘失踪后，心灰意冷之中跟随了梅花族上山，当时的族长不是阿狸族长，但长老还是那个长老，她们没有跟李凡说实话，只是很简单跟他说了几句话，而且试图把李凡留下来。
但李凡只在雪山上待了一段时间，用一些小饰品换取了山中部落的一些情报，关于这座荒岛的情报，但是她们也是就提供了关于荒漠区的事情，以及要怎么跟荒漠族打交道的事情，之后就没有跟李凡说起关于这里的事情。
李凡告别了山中部落后，一个人返回木屋的时候，把一些武器带上，然后开始在荒岛搜寻关于妻子杨咪的事情，他从海边的“三胖号”开始走，接着进入了雨林区和另一边的沙滩，也就是后来陈小凡他们最开始在荒岛出现的地方。
用了大半年的时间，李凡找遍了整个荒岛，就是没有找到关于杨咪和失踪两个同伴的事情，他曾经孤独的很想死去，但他又没有勇气这样做，于是再次一个人回到了木屋之中，收拾一些东西，然后又去雪山上面打听关于自己爱妻的事情。
但李凡还是无法在山中部落那里得到任何有价值的线索，只有梅花族的圣地和雪山不让自己过去，通往雪山山顶的路都是垂直的岩壁，加上常年冰封的表面，一般情况下是无法往雪山上去的，雪山之上成为了第一个被隔绝的地方。
第二个就是梅花族的圣地也进不去，外面有人把守着入口，只有梅花族的长老和族长才能进去，历代族长和长老死后都会被送到这里去安葬，外人根本没有机会进去，李凡曾经偷偷溜进去，但很快被人发现了，幸好自己跑得快。
在梅花族的时间里，李凡为了得到关于荒岛上更多信息，然后找出自己的爱妻杨咪，居然勾引了梅花族当时的族长，那也是一个比较单纯的女孩，很快就跟李凡说了一些关于这里的事情，圣地里面其实通往造物主的一个入口，在那里或许能找到关于杨咪的线索，不过自从上次李凡擅自闯入梅花族的圣地后，那里戒备非常严格了。
而时任梅花族族长带着李凡再次闯进圣地后，李凡看到了那个所谓通往造物主的通道，其实是一个会自动发光的地方，产生的光亮就跟发生在杨咪她们三个身上的光是一样的，就在李凡要进一步接近那个光亮时，梅花族长老带着其他人来了。
李凡的红颜知己为了保护他，甘愿一个人受罚，李凡一个人逃出了圣地，而时任梅花族族长就在之后就完全消失了，长老重新挑了一个人作为新的梅花族族长，当时没有人敢反对这件事情，大家都接受了，而李凡心里非常清楚这件事情，也开始觉得梅花族的圣地很自己爱妻杨咪失踪有关，不过现在自己真的没有办法再次进入圣地里面。
李凡之后开始拜访其他山中部落，在一个热心的长老指引下，李凡才知道荒漠区也有一个梅花族的圣地，不过废弃了很多年，那里面也有记载这里的起源信息，不过时间过得太久了，之后山下的荒漠族知道怎么进入荒漠区，这对李凡来说是一个很重要的信息，于是李凡又重新回到山脚下，准备好了跟荒漠族交换物品。
李凡也是交换了三匹骆驼，以及一大堆食品进入荒漠区的，他的路线跟陈小凡是一样的，也最终来到了荒漠区低温中心，那座神秘出现的金字塔，当时雪豹族的人也在金字塔里面，所以李凡等了很久才进入金字塔里面，搜寻一下线索。
李凡在金字塔里面待的时间很久，每次都在摸索怎么开启整个金字塔的办法，他也是一开始无法进入金字塔最神秘的内部，后来李凡开始发现石壁上面的象形文字是自己可以解读的，关键的信息也在里面可以找到一些。
李凡不仅是一个标准的程序员，在大学的时候也学了一些解读象形文字的课程谈不上所谓的精通，但还是能够解读石壁上面的一些事情，由于金字塔里面缺乏照明设施，李凡又花了很久的时间开解读这些在金字塔里面的象形文字，也把自己的解读写在了日记本上面，发现了荒岛一些被隐瞒的事情。
那就是这些山中部落的祖先不是只有女人那么简单，她们一开始也是正常的人类繁衍，有女人和男人，也需要通过一些生物常识来诞下后代子孙，但后来这些掌握繁衍一半权力的男人，突然间全部死去了，只留下了一些女人往雪山去。
而金字塔里面还没有出现关于造物主存在的记载，只有写山中部落的祖先都是从海上来的，好像也是因为迷路才来到了这座荒岛上面，而且他们乘坐的载具像是一艘飞船，既可以在空中飞行，又可以在水面上航行，那艘载具就被埋在金字塔里面。
要打开金字塔里面的时间只有冬至日和夏至日，而且开启的时间非常短暂，所以李凡又在金字塔里面待了半年，终于等到了金字塔里面的暗门被打开了，李凡举着火把进入了里面，那里果然有一艘像飞船的东西。
李凡曾经试着去驾驶飞船，但发现上面的操作系统不是自己能够掌握的，而且系统上面显示最近的时间是2045年，也就是它的出厂时间，这就让李凡无法理解了，他是在2012年进入荒岛的，现在怎么说也是2012年，不可能是飞船上面显示的2045年。
李凡做了一个大胆的假设，这里的时间跟自己在文明世界的时间是两个次元的，所以才会有这样的误会，随着李凡日记的结束，关于金字塔的事情也暂时没有了下文，不过李凡在这本日记最后留下了一句话：“这或许是人类文明无法高度发展的原因吧。”
这句话看起来像是一个警告。
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