可以说，改组行政部门是麻烦最大的事情。在朱祁钰之前，大明的行政权主要集中在了以吏部为首的中央六部手里，其中，户部总管天下户籍，田土，资源等。礼部总管礼仪，祭祀，以及外交。兵部总管军队事务。工部总管军器制造，防洪防汛，道路建设等。刑部总管司法等。
现在将司法大权分了出去，且皇帝一手掌握了兵权，而商人也获得了更大的权利。因此，兵部，公布，刑部这三部已经名存实亡了！另外，吏部作为总管官员人事安排的部门，在朱祁钰的新政府中是没有任何地位的（这也是为了防止像王直这样的人出现），礼部更是没有任何的价值。中央六部的职权其实已经被削弱了很多！正是在这一基础上，朱祁钰再次分化各部门的权力，解散了六部，成立了十五个新的部门！
这十五部是，内务部，外交部，经济部，国防部，工业部，农牧部，商贸部，户籍部，水利桥梁部，警察部，帝国安全部（秘密警察部门），教育文化部，科技部，医疗卫生部，以及税务部。虽然，以现在的眼光来看，这十五个部门还不完善，其中很多部门负责了多方面的事务。后来不到一百年，中央政府的部门就已经扩大到了二十二个部！不过，在当时看来，朱祁钰这么明确的细分中央政府的权力，这绝对是破天荒的事情！
当然，让很多人感到惊讶的事情还有。在设立了这十五部之后，朱祁钰还再次打破了太祖皇帝定下的规矩，从新设立丞相，只不过，这时候已经不叫丞相了，而改称为内阁总理大臣！而这内阁总理大臣一般只兼任某一部的部长，很多时候甚至是单独的职务，不过，其权力远超过了以往的丞相。内阁总理大臣只向皇帝本人负责（后来形式上只向皇帝负责，实际上则是向下议院负责），且各部正副部长都由其选拔，然后提交皇帝审查，如无反对，则直接任免！
而朱祁钰选择的第一任内阁总理大臣就是于谦！在当时看来，于谦自然是一人之下，万人之上的大人物了。不过，朱祁钰另外还给于谦设置了一道障碍。这就是内阁，既然有内阁总理大臣，那就得有新的内阁吧！
新的内阁就是由十五部正副共三十名部长，外加内阁总理大臣组成。这三十一人（有的时候不足三十一人）都可以向皇帝提交行政意见，制定国家政策，并且向朱祁钰负责！可以说，内阁本身就是一个小朝廷，规模比以往的朝廷小了很多，将各部其他官员排除在了朝廷之外，且只行使行政权，而不涉足立法与司法权！
朱祁钰确定了这套政治制度之后，皇权并没有被削弱，反而被加强了许多！不过，只也只是对朱祁钰一人而言，对那些没有朱祁钰这种铁腕手段的皇帝而言，是没有办法控制住这台政治机器的！现在，朱祁钰完全掌握了行政大权，各部大臣都是他的心腹手下。而立法方面，虽然组建下议院的计划被推迟了（主要是选举办法无法确定），大上议院因为超过半数的都是朱祁钰封的公侯，自然也在朱祁钰的控制之中。司法方面，朱祁钰在新的检察院，大理寺都安置了忠于自己的部下，且这两个部门的官员地位都提高了很多，他们都直接向朱祁钰负责。也就是说，司法权其实也落到了朱祁钰的手里！
就算比起明太祖朱元璋来说，朱祁钰此时掌握的权力也大大超过了他！当初，朱元璋还要受到丞相李善长，胡惟庸的制肘，且那些他设置的言官对他也很是不客气。而现在，朱祁钰已经完全掌握了大明的所有权力，没有人再能跟他作对！恐怕，朱元璋在九天之上，见到朱祁钰将他建立的大明搞成这个样子，不知道是笑，还是哭！
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